Po husitském vpádu v 15. století zůstala katedrála v ruinách, přesto působila natolik monumentálně, že získala v roce 1681 označení „Splendissima Basilica“ – nejskvostnější bazilika. Na přelomu 17. a 18. století byla katedrála řádem cisterciáků opravena v barokně-gotickém stylu Jana Blažeje Santiniho-Aichla. Ten do stavby vetkl světově unikátní samonosné stavební prvky – klenbu zvanou „česká placka“ a točité schodiště. Po zrušení Sedleckého kláštera Josefem II. a etablování tabákové továrny v jeho bývalých budovách začala katedrála sloužit jako římskokatolický farní kostel.

V chrámu najdeme vzácné umělecké památky, např. obrazy Petra Brandla, Michaela Leopolda Willmanna, Jana Kryštofa Lišky aj. Katedrála má přístupné první podkroví, jímž je možné projít až na kůr západního průčelí. Chrámová pokladnice ukrývá jeden z nejvzácnějších klenotů střední Evropy – originál Sedlecké monstrance. Podle posledních poznatků se jedná o jednu z nejstarších dochovaných gotických monstrancí na světě.