Na místě dnešního Sudějova se před staletími rozprostíraly hluboké a neprostupné lesy a lidé si sem nacházeli cestu jen pozvolna. Ještě na konci 17. století se v písemných pramenech dočítáme o soužení, které okolním venkovanům působily bandy loupežníků i nebezpeční vlci. Do zdejších lesů častěji přicházeli jen uhlíři a v době třicetileté války také obyvatelé bližších i vzdálenějších vsí, hledající úkryt před drancujícími a vraždícími vojáky. Možná právě někdo z nich tady objevil studánku s vynikající vodou, které se brzy začaly přičítat zázračné vlastnosti. Této studánce vděčí obec Sudějov za svůj vznik i jméno. Na okolní les si dělali nárok vlastníci několika panství, na jejichž pomezí les ležel, a podle soudních tahanic se studánce začalo říkat Sudějovka. Pověsti dává za pravdu záznam z jednání hejtmanské rozhodčí komise o sporné hranice mezi panstvími Jindice a Červené Pečky z roku 1755.

Předchůdcem dnešního poutního kostela byla dřevěná kaple s obrazem sv. Anny vystavěná nad pramenem s údajně léčivými účinky. Dali ji postavit jezuité někdy mezi lety 1659 až 1689, kdy jim patřila sousední ves Žandov. Dnešní barokní poutní kostel nechal vystavět po požáru kaple majitel pečeckého panství hrabě Karel Joachym Breda. Se stavbou se započalo v roce 1724 a už v následujícím roce byl kostel slavnostně vysvěcen. Krátce poté zde kromě fary vznikly i lázně, kde se poutníci mohli omýt léčivou vodou, a také panská hospoda, kolem které vyrostla dnešní vesnice. Věhlas kostela a studánky rostl a každoročně se zde o poutích scházelo až několik tisíc lidí. Velkoryse pojatý areál byl dokončen v roce 1742, kdy kolem kostela nákladem poutníků vyrostly ambity s věžemi a kaplemi, z nichž dvě byly zasvěceny svatému Jakubu Většímu a Nanebevzetí Panny Marie. Tím se umocnila role Sudějova jako letního poutního místa, kde se vedle úcty ke svaté Anně slavily i svátky svatojakubský a mariánský, připadající na červenec a srpen. Těžkou ránu tomuto místu na konci 18. století přinesly reformy císaře Josefa II., kdy bylo výrazně omezeno pořádání poutí a procesí. Ambity určené pro shromažďování poutníků tak ztratily svůj význam a v roce 1819 byly částečně zbořeny.

Lékaři léčí, sudějovská studánka uzdravuje.

Sudějovská voda měla mít zázračnou moc. Zprávy o náhlých a nevysvětlitelných uzdraveních byly zaznamenány v pamětní knize, která ale shořela při požáru fary roku 1790. Dodnes se ale tradují nejméně čtyři případy takových uzdravení. Zázračný pramen dnes už na jeho původním místě nenajdeme. V roce 1843 byl sveden na náves před kostel do samostatné, volně přístupné kaple. I přes tyto změny si Sudějov zachovává atmosférou barokního poutního místa, které pravidelně ožívá tradičními církevními slavnostmi. Tradice sudějovské svatoanenské pouti byla obnovena a každoročně ji navštěvuje několik set lidí. Slavnostní pouťové bohoslužby zde sloužily významné osobnosti katolického duchovního života, např. kardinálové Miloslav Vlk a Dominik Duka nebo prof. Petr Piťha.