Dějiny chrámu sv. Štěpána sahají do samých počátků historie Kouřimi. Přesná doba jeho založení dodnes není známa. Ve zdivu stavby byly zjištěny pozůstatky druhotně použitých románských kvádrů, které s největší pravděpodobností pocházejí z objektu staršího kostela. Ten existoval ještě před vznikem středověkého města, o němž se nejstarší písemná zmínka zachovala z roku 1261.

Po roce 1270 byla v úplnosti dokončena hlavní a jižní loď, nejspíše až na přelomu 13. a 14. století došlo ke vztyčení nejvyšších pater obou věží. Středověké dějiny kostela sv. Štěpána nejsou pro nedostatek zachovalých písemných pramenů dostatečně známy. Nejstarší zachovalá zmínka o něm pochází z roku 1334, kdy byla stavba poškozena požárem, jenž zachvátil celé město. Na počátku 15. století byl interiér vyzdoben cennými nástěnnými malbami.