Kostel sv. Jana Nepomuckého je atypický svou polohou v řadě okolních budov. Projekt kostela zpracoval „císařský“ architekt F. M. Kaňka v letech 1734-1754 a s výslednou podobou nepomáhal K. I. Dientzenhofer. Je jediným kutnohorským kostelem, který byl postaven a vybaven v jediném stylu pozdním baroku s prvky rokoka a barokního klasicismu. Stavbu financovala kutnohorská obec z výnosů záduší a za přispění soukromých donátorů. Vzniklo dílo mimořádně hodnotné a konsistentní jak ve své části architektonické, tak i ve výzdobě.

V roce 2017 získala Zdeňka Mašínová zpět rodný statek otce Josefa Mašína. Následujícího roku vznikl zapsaný spolek, jehož cílem bylo nejen vytvoření Památníku tří odbojů, ale také uchování památky celé rodiny genmjr. Josefa Mašína. Stalo se tak z prostředků veřejné sbírky, do níž se zapojilo takřka tisíc přispěvatelů.

Autorem projektu raně barokní budovy byl významný stavitel jezuitských budov, italský architekt narozený ve Vídni, Giovanni Domenico Orsi. Z částečně dochovaných plánů je patrné, že zvolil půdorys písmene E a současný půdorys ve tvaru písmene F je důsledkem toho, že projekt nebyl nikdy naplněn. Po Orsiho smrti v dostavbě pokračoval Carlo Lurago a kolej byla kompletně dokončena až v roce 1750.