Die Friedhofskapelle ist eine zweistöckige Karner-Kapelle aus dem 14. Jahrhundert. Der Legende zufolge war auf dem Friedhof Sedlec 1278 Erde verstreut worden, die Mönche aus Jerusalem mitgebracht hatten. Der Friedhof wurde dadurch zum ältesten sog. „Heiligen Feld“ in Mitteleuropa – und damit zu einer begehrten Begräbnisstätte. Nach der Pestkatastrophe von 1318 wurden in Sedlec mehr als 30.000 Tote begraben, weitere 10.000 Tote fanden hier während der Hussitenkriege ihre letzte Ruhestätte. Den überlieferten Quellen zufolge nahm der Friedhof Sedlec eine Fläche von 35.000 m2 ein.

Ende des 15. Jahrhunderts wurden die meisten Gräber aufgelöst. Die exhumierten Knochen der ca. 40.000 Toten wurden im unteren Teil der Kirchenkapelle aufbewahrt, wo ein der Sage nach halbblinder Mönch sie 1511 zu großen Pyramiden aufschichtete. Im Rahmen der josephinischen Reformen wurde das Kloster Sedlec Ende des 18. Jahrhunderts aufgelöst. Die Kirche gelangte in den Besitz des Adelsgeschlechts der Schwarzenberger von Orlík. Diese ließen die ursprünglich barocke Knochendekoration, die vermutlich nach einem Entwurf des genialen Architekten Johann Blasius Santini-Aichl gestaltet worden war, 1870 durch den Schnitzer und Baumeister František Rint wiederherrichten und vollenden. Die Friedhofskirche mit dem Beinhaus ist eine der meistbesuchten Sehenswürdigkeiten in Tschechien. Derzeit wird das lehnende Kirchengebäude einer vollständigen Renovierung unterzogen, bei der die Außenterrassen zugänglich gemacht und eine neue konzeptionelle Lösung für den Besucherverkehr umgesetzt werden, während die ursprüngliche Botschaft der einzigartigen Skelettdekoration „memento mori“, die mit der Hoffnung auf die Auferstehung verbunden ist, erhalten bleibt.